ในปี พ.ศ.2542 นายกสมาคมเภสัชกรรมโรงพยาบาล (ประเทศไทย) ได้ริเริ่มให้มีการมอบรางวัล “เภสัชกรโรงพยาบาลดีเด่น” เพื่อเป็นกำลังใจให้แก่เภสัชกรโรงพยาบาล ซึ่งมีผลงานเป็นที่ประจักษ์และยอมรับในแวดวงวิชาชีพ ทุ่มเทอุทิศเวลาให้กับการพัฒนาและปฏิบัติงาน เป็นแบบอย่างที่ดีในการประกอบวิชาชีพเภสัชกรรม และรางวัล “เภสัชกรเกียรติคุณ” ให้แก่เภสัชกรอาวุโส หรือเภสัชกรในสาขาอื่นที่ได้ทำคุณประโยชน์ให้แก่วิชาชีพเภสัชกรรมโรงพยาบาล มีคุณธรรม จริยธรรม เป็นที่น่ายกย่อง โดยได้เข้ารับประทานโล่รางวัลจากพระเจ้าวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรราชาทินัดดามาตุ ในวันเปิดการประชุมวิชาการและประชุมใหญ่สามัญเป็นประจำทุก 2 ปี จนถึงปี พ.ศ.2556 ปรับเป็นทุก 3 ปี ติดต่อกันมาโดยตลอด
นอกจากนี้ยังมีการให้รางวัล “เภสัชคุณากร” เพื่อประกาศเกียรติคุณ และเชิดชูเกียรติเภสัชกรโรงพยาบาลผู้ทำคุณประโยชน์ให้กับวิชาชีพ ด้วยความเสียสละและทุ่มเทเป็นแบบอย่างให้กับเภสัชกรโรงพยาบาลรุ่นใหม่ โดยพิจารณาเภสัชกรโรงพยาบาลที่มุ่งมั่นพัฒนางานวิชาชีพในพื้นที่เสี่ยงภัย 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นกรณีพิเศษ
อีกทั้งยังมีรางวัล “เภสัชกรดีเด่นรุ่นเยาว์” เพื่อยกย่องและประกาศเกียรติคุณเภสัชกรโรงพยาบาลรุ่นใหม่ที่มีความมุ่งมั่นในการพัฒนางานวิชาชีพ มีผลงานเป็นที่ประจักษ์ และได้รับการยอมรับจากวิชาชีพอื่นภายในองค์กรเพื่อสร้างขวัญและกำลังใจแก่เภสัชกรผู้ปฏิบัติงานเภสัชกรรมโรงพยาบาลรุ่นใหม่
